戊肝病毒经口侵入人体，从肠道经门静脉感染肝细胞，在肝细胞浆内增殖复制，复制后的病毒颗粒散布于肝细胞浆基质中，并可分泌于毛细胞管而后混入胆汁中。在感染戊肝病毒的猴胆汁中，，第7日病毒颗粒还是阴性，到第10日开始阳转，同时可在每毫升胆汁中提取个病毒颗粒。病毒在肝内进行一次性繁殖后，大约在潜伏期及急性期可能出现短暂的病毒血症。
病毒主要随胆汁一起经粪便排出体外。在肝外是否也有戊肝病毒繁殖尚不清楚。肝炎发病经治疗后，病毒约2周左右逐渐从粪便中消失，带病毒的粪便可再次经口引发新的感染。
