甲肝以急性肝炎为主，无慢性化，预后好，同时感染或重叠感染其他嗜肝病毒时，病情可加重甚至可以发生重型肝炎。重型肝炎约占全部甲肝病例的0.2％－0.4％，病死率高。急性肝炎的并发症较少，其中比较常见的胆囊炎，偶见心包炎、结节性多动脉炎。
